Aujourd'hui encore, la science a du mal à lutter contre ces microorganismes. Parce qu'ils sont cellulaires, la controverse de "est-t-il vivant ou non?" elle est toujours dans l'esprit des chercheurs et c'est précisément pour cette raison que les traitements spécifiques et efficaces sont très difficiles à développer.
La défense immunitaire contre les virus se fait, de manière très simplifiée, par l'ensemble de l'immunité innée (notre première ligne de défense) et de l'immunité adaptative. Tout d'abord, les interférons de type I (IFN-α et IFN-β), les macrophages et les cellules NK reconnaissent et présentent l'antigène (dans ce cas, le virus). De cette façon, c'est comme si les cellules de défense innées levaient un drapeau disant "attention, nous avons des envahisseurs". Les cellules NK, tueuses naturelles, sont cytotoxiques et ont le pouvoir de tuer les cellules infectées. Les interférons agissent en activant les macrophages et en augmentant leur capacité microbicide. A partir de ce moment, l'immunité adaptative est recrutée. Le lymphocyte TCD8 +, par le biais du CMH (Complexe Majeur d’Histocompatibilité), reconnaîtra le virus et lyse les cellules infectées. Le CMH est précisément le «drapeau» qui signale le danger pour une cellule infectée. Le lymphocyte TCD4 + aidera le lymphocyte B à fabriquer des anticorps. Les anticorps se lieront alors au virus lorsqu'ils sont à l'extérieur de la cellule et neutraliseront son activité, gelant l'infection. De plus, les anticorps peuvent se lier aux cellules déjà infectées et renforcer l'action des cellules NK. Quel merveilleux travail, n'est-ce pas?